采用cSMART技术对非小细胞肺癌致癌突

采用cSMART技术对非小细胞肺癌致癌突 点击上方“重庆医药贝瑞”可以订阅哦在《Oncotarget》最近的一项研究中，来医院的研究人员联合重药贝瑞的股东之一，北京贝瑞和康生物技术股份有限公司（以下简称贝瑞和康），采用cSMART技术对位早期和晚期患者肿瘤组织切片标本的EGFR、KRAS、BRAF、TP53和ALK基因的突变频率、类型和丰度进行评估，并与金标准ARMS-PCR进行了对比研究。cSMART技术cSMART（CirculatingSingle-MoleculeAmplificationandResequencingTechnology），即环化单分子扩增和重测序技术，是贝瑞和康自主研发的国际领先的DNA富集检测技术，通过标记、环化、扩增和高通量测序，并采用独特计数方式，检测灵敏度达3/，能够准确、绝对定量地分析DNA片段所携带的多种突变。cSMART技术已成功应用于无创肿瘤液体活检、肿瘤组织切片标本检测、无创产前单基因病检测，检测结果经北京、江苏、上海、医院临床证实准确可靠，论文发表于Oncotarget、ClinicaChimicaActa以及ClinicalChemistry等国际期刊。cSMART技术已使上千癌症患者及家庭获益。研究结果发现，在例样本中最常见的突变基因是EGFR（59.9％），其次依次是KRAS（16.9％）、TP53（12.7％）、EML4-ALK（6.3％）和BRAF（4.2％）。肿瘤组织切片标本的突变丰度和类型具有较高的异质性，既包括单克隆突变（51.6％）也包括多克隆（12.6％）突变。在临床层面，尽管每个患者的肿瘤突变特征是独特的，但在疾病早期或晚期阶段的总体特征是相对类似的。

本研究选取了EGFR基因的29个热点突变，用以评估cSMART和ARMS-PCR的阳性符合率和阴性符合率（Table2）。总体而言，cSMART与ARMS-PCR的符合率很高，尤其是对于LR、E19del和TM三个突变。在例样本中，ARMS-PCR检测出74例EGFR突变阳性样本，cSMART检测出了其中的71例，漏检了3例E19del。在剩余例ARMS-PCR检测为EGFR突变阴性样本中，cSMART检测出例阴性，但另外5例被检测为阳性（E20ins、E19del、LR和2例TM）。

对cSMART检测为假阳性和假阴性的样本进一步验证（SupplementaryTableS5）。对于3例E19del“假阴性”样本（CBR、CBR和CBR），使用Sanger法对原始FFPE样本基因组DNA的19号外显子的PCR产物进行测序。结果显示：对于样本CBR，是由于碱基替换引起ARMS-PCR检测假阳性；对于样本CBR，是由于碱基插入引起ARMS检测假阳性；仅样本CBR是cSMART未检出。对于5例cSMART检测为“假阳性”的样本（CBR、CBR、CBR、CBR和CBR），其突变频率较低，分别为0.1%(E20insertion)、0.12%(E19deletion)、0.83%(TM)、1.7%(TM)和3.13%(LR)。而ARMS-PCR的检测灵敏度为1％，其中3个样本的突变比例低于ARMS-PCR检测下限，2个样本的突变频率略高于ARMS-PCR检测下限。总体而言，以EGFR基因突变率来看，cSMART的检测灵敏度至少达到0.1％。对比金标准ARMS-PCR，cSMART检测的灵敏度和特异性分别高达98.7％（78/79）和99.0％（/）。这充分说明，cSMART应用于肿瘤组织切片标本是高度准确和可靠的。TM突变为EGFR基因20号外显子中的一个点突变，是目前较为认可的耐药机制之一。不同检测方法显示的TM突变频率从2%-40%不等。最近一项灵敏度0.1％的检测方法公布的TM的突变频率为2.8%。在本研究中，ARMS-PCR和cSMART检测到的TM突变频率分别为1.1％和2.2％，与其接近。但值得注意的是，本研究中有两例TM阳性样本被ARMS-PCR漏检。经cSMART检测，漏检的两例样本的TM突变频率分别为0.83%和1.7%。综上所述，cSMART相对于ARMS-PCR有如下几个优势：??cSMART的多基因panel（EGFR、KRAS、BRAF、TP53和ALK）覆盖67个或更多热点突变，并能发现新的致癌突变；??可绝对定量；??cSMART技术可应用于循环肿瘤DNA（ctDNA），作为一项重要的诊断工具助力于动态疗效监测和耐药突变检测。参考文献：1.YeX,ZhuZZ,ZhongL,LuY,SunY,YinXL,YangZF,ZhuGS,JiQS.HighTMdetectionrateinTKI-naiveNSCLCwithEGFRsensitivemutation:truthorartifact?JThoracOncol.;8:-.







































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